Для уменьшения концентрации цистина следует выпивать 3-4 л жидкости в день. Кроме того, мочу нужно ощелачивать, так как цистин лучше растворяется в щелочной моче, как и зубной камень при использовании таких приборов как стоматологические инструменты. Если цистиновые камни образуются или увеличиваются в размерах, несмотря на прием жидкости и ощелачивающую терапию, следует назначить препараты, которые связывают цистин и формируют более растворимый цистеин. К ним относятся D-пеницилламин и а-меркаптопропионилглицин.